«نظریه شبکه مسائل» یکی از سه ضلع مثلث تحول در علوم انسانی از منظر روش‌شناسی است. این نظریه، در کنار نظریه فحص جامع و نظریه اجتهاد سیستمی، اضلاع تحول (مدل تحول) در علوم انسانی از منظر روش‌شناسی را تشکیل می‌دهد. این مدل،‌ بیانگر چگونگی تحول در علوم انسانی برای حرکت از علوم انسانی سکولار به سمت علوم انسانی اسلامی از منظر روش‌شناسی است. هدف از نظریه شبکه مسائل،‌ برداشتن گام اول از مدل تحول در علوم انسانی و زمینه‌سازی برای تولید علم دینی در موضوعات و مسائل علوم به‌ویژه علوم انسانی است. این نظریه، به این پرسش پاسخ می‌دهد که چگونه می‌توان یک موضوع را تجزیه مفهومی کرد و شبکه گسترده‌ای از متغیرها و مسائل مرتبط با آن موضوع را به ‌دست آورد. اهمیت و کاربرد این نظریه به‎صورت ویژه در حوزه علوم انسانی، تولید شبکه مسائل علوم انسانی در شاخه‌ها و رشته‌های مختلف علوم انسانی است. این نظریه، در پارادایم شبکه‌ای، با راهبرد تحلیل مفهومی، با رویکرد فلسفی و با ابزارهای چهارده‎گانه تحلیلی، به توصیف، تبیین و توجیه قدم به قدم مراحل تولید شبکه متغیرها و مسائل در موضوعات مختلف می‌پردازد.